背景设定在上世纪90年代，毒品生意的全球化被点燃之际。新独立的贩毒集团在政治动荡和不断升级的暴力中挣扎求生，而新一代墨西哥毒枭横空出世。剧情围绕新一代墨西哥毒枭展开，聚焦在Felix的帝国解体后爆发的战争。在这场战争中，真相总是无迹可寻，而每一次逮捕、谋杀和劫掠都只会让真正的胜利离人们越来越远。

同时，毒枭：墨西哥 第三季还讲述了一些重要角色的命运，例如主人公Agente Galeana和他的家人，以及毒枭家族成员的复杂关系。整个剧情紧张刺激、充满惊悚元素，同时也探讨了现代社会中毒品问题的根源和影响。