故事发生在20世纪初的美国。弗兰克（由道恩·强森饰演）是一位机智而机警的船长，他在亚马逊雨林中经营着一艘名为"Jungle Cruise"的旅游船。弗兰克以讲述神秘的历史和传说为游客提供独特的体验。

当时，一位名叫莉莉（由艾米莉·布朗特饰演）的探险家到访亚马逊，寻找一个被称为"Tree of Life"的传说中的神奇植物。据说，这个植物拥有无限的疗愈力量，能够治愈一切疾病并赋予永生。

莉莉雇佣了弗兰克作为她的向导，带领她穿越危险的丛林，寻找"Tree of Life"。他们的旅程中遭遇了许多危险和阻碍，包括敌对的势力、恐怖的动物和自然灾害。

他们还发现了一支神秘的迷失文明，这个文明的存在对"Tree of Life"的秘密起着重要作用。弗兰克和莉莉必须面对各种挑战，解开谜题，并保护这个传说中的植物不受邪恶势力的控制。

在这个冒险过程中，弗兰克和莉莉之间产生了深厚的情感，他们也逐渐了解到真相并发现自己的使命。他们必须勇敢面对危险，为了保护神奇植物和人类的未来，展开一场终极决战。