故事设定在一个虚拟现实世界和现实世界并存的未来。主人公尼奥（Neo）是一个普通的电脑程序员，但他对现实的真相充满了质疑。他开始追寻一种名为“黑客”的秘密组织，希望能了解更多关于所谓的“矩阵”（Matrix）的真相。

尼奥终于接触到了黑客组织的领导人莫菲厄斯（Morpheus），莫菲厄斯告诉尼奥，现实世界其实是一个被机器控制的虚拟现实，人类的思维和感官被机器所操控。而尼奥则被认为是“救世主”，有能力解放人类并摧毁机器统治。

在经历了一系列惊险的训练和战斗后，尼奥最终接受了自己的命运，并成为了真正的“救世主”。他发现自己具备了在矩阵中改变现实的能力，并与机器的代表人物史密斯（Smith）展开了一场决定人类未来的大战。