伊索斯坦号核心被窃事件，这导致了美国政府将IMF（不可能任务组）的责任撤销，并将其定为恐怖组织。但实际上，IMF成员伊森·亨特和他的团队正在执行一项秘密任务。
他们得知了一位叫做科布的恐怖分子策划了一项名为“幻灵协议”的计划，意图引发一场核战争，将世界推向混乱。为了阻止这一阴谋，亨特和他的团队必须找到科布并阻止他的计划。
然而，任务并不顺利。在一次行动中，IMF团队遭到了袭击，使得亨特和他的团队成为了失去政府支持的逃亡者。他们不得不自行组织行动，展开一系列危险的任务，以获取情报、追踪恐怖分子的行踪并摧毁核武器。
亨特的团队包括技术专家本吉·达克斯利、战术专家威廉·布兰特以及新成员简·卡特。他们穿越了全球各地的危险场景，包括迪拜的摩天大楼和印度孟买的火车站，进行刺激而惊险的行动。
在追踪科布的过程中，亨特还与前IMF特工伊莎贝拉·费拉拉相遇，并最终与她合作。他们的行动越来越接近科布，但同时也暴露了自己的位置，引起了各方势力的追捕。
最终，亨特和他的团队成功摧毁了科布的核武器，并将他逮捕。他们恢复了IMF的声誉，并为阻止核战争做出了重大贡献。