在未来的世界，人类居住在一座封闭的城市中，由一位神秘的领袖指导着。这个城市的居民面临着严格的控制和监视，而叛乱和反抗活动也时有发生。其中一支反抗组织由一位名叫Æon Flux的女性领导。

Æon Flux是一个致力于推翻城市统治的特工，她具备出色的战斗技巧和潜入能力。她接到了一项任务，要刺杀城市领导人，然而，在执行任务的过程中，她遇到了许多意想不到的情况和谜团。

随着剧情的发展，Æon Flux逐渐发现了城市内部的秘密和真相。她发现了一项关于城市领导人和他的计划的阴谋，以及一种能够改变人类基因的危险实验。随着剧情的推进，Æon Flux逐渐与城市的统治者展开了一场生死对决，她必须利用自己的技能和智慧来保护自己和揭示真相。