故事发生在18世纪的法国，主角让·巴蒂斯特·格雷诺耶（Jean-Baptiste Grenouille）是一个拥有超人嗅觉的年轻男子。由于在巴黎的鱼市场上出生，他从小就被认为是一个异类。随着年龄的增长，格雷诺耶培养了对气味的痴迷，并决定成为一名调香师。
然而，格雷诺耶对完美气味的追求逐渐演变成了一种疯狂的欲望。他发现了只有处女的气味才能完美地表达纯洁和美丽，于是他开始追捕和杀害年轻的处女，以提取她们的香气。
格雷诺耶的罪行引起了警方的注意，调查员里克尔（Richelieu）和弗洛里（Flore）试图追踪并逮捕他。然而，格雷诺耶却成功地逃脱了警方的追捕，并继续追求他的完美香水。
最终，格雷诺耶制作出了一款致命的香水，具有令人着迷的力量，可以控制他人的欲望。他将这款香水在巴黎的市集上撒播，引发了一场大规模的混乱和疯狂。人们为了争夺这款香水而陷入狂热，最终导致了他们的死亡。
在最后，格雷诺耶终于找到了一个他认为是完美气味的女性，并将自己浸泡在她的香气中。然而，在这个过程中，他丧失了自己的存在感，并最终被人们发现和追捕。他被判处死刑并被处决，但他的完美香水的传说却流传下来。