继续讲述特工杰姆斯和凯保护地球免受外星威胁的故事。
故事发生在前作事件的几年后，杰姆斯（威尔·史密斯饰）已经离开了黑衣人组织，过起了普通人的生活。然而，地球再次面临外星威胁。一名邪恶的外星人，名叫塞雷纳（琳娜·赫莉饰），化身为女性模特儿，打算寻找并释放一种名为“卡伦”的外星物种，它能够摧毁地球。
黑衣人组织重启并派遣特工凯（汤米·李·琼斯饰）前去找回杰姆斯，因为只有他才能阻止塞雷纳的邪恶计划。凯成功说服杰姆斯回归，并带他回到黑衣人总部。在那里，他们与黑衣人组织的其他成员合作，包括科学家埃米特（琼·洛维特饰）和黑衣人组织的领导Z（里普·托恩饰），共同对抗塞雷纳和她的手下。
杰姆斯和凯的任务是找到一种名为“光之球”的神秘装置，只有它能够阻止卡伦的释放并拯救地球。他们追踪到一个名叫Rip（乔尼·诺克斯维尔饰）的外星生物，他据称知道光之球的下落。然而，他们还要面对来自塞雷纳的追捕和其他危险。
随着剧情的发展，杰姆斯和凯面临各种挑战和危险，包括与外星生物的激烈战斗和迷失在地下隧道中。他们必须展示他们的勇气和智慧，解决谜题并击败塞雷纳，以保护地球和人类的安全。