改编自漫画书系列《Men in Black》，讲述了一对秘密特工与外星生物打击外星威胁的故事。
故事发生在纽约市，地球被外星生物频繁访问并隐藏在人类中。一个神秘的外星物种，一个外星人称为卡伦（文森特·多诺费奥饰），打算在地球上找到并消灭一个名为“银河系”的宇宙器官。为了阻止他，纽约警探杰姆斯·爱德华兹（威尔·史密斯饰）被招募加入了一个名为“黑衣人”的秘密组织。
杰姆斯与组织的资深特工凯（汤米·李·琼斯饰）成为搭档，两人开始了一系列冒险任务，追踪和消灭外星人。他们使用各种高科技武器和设备，穿着黑色西装和墨镜，与外星人交战并保护地球的安全。
在任务中，杰姆斯遇到了一个名叫莉琪（琳达·费奥伦蒂诺饰）的女人，她知道一些外星人的秘密，并渴望加入黑衣人组织。杰姆斯不得不平衡任务和与莉琪的关系，同时还要面对越来越大的外星威胁。
随着剧情的发展，杰姆斯和凯揭示了更大的阴谋，并发现了一个名为“虫子”的外星生物团体，他们打算入侵地球并摧毁人类。杰姆斯和凯必须阻止虫子并保护地球的安全。