以同名的J.K.罗琳的小说为基础，讲述了魔法动物学家纽特·斯卡曼德（Newt Scamander）的冒险故事。

故事发生在1926年的纽约市。纽特·斯卡曼德抵达纽约，并带着一个看似普通的行李箱，实际上这个行李箱里装满了各种神奇的魔法生物。不幸的是，他的行李箱在与一个麻烦制造者雅各布（Jacob）相遇后被打开，一些魔法生物逃脱了。

在努力重新收集逃脱的魔法生物的过程中，纽特与一个非魔法人士雅各布和两位魔法姐妹提妮（Tina）和奎妮（Queenie）结成了奇特的团队。他们面对着纽约魔法世界的混乱局势，黑暗势力的威胁以及一系列神秘事件的解谜。

在纽约市的魔法世界中，纽特发现了一个更大的阴谋，涉及黑巫师格林德沃（Grindelwald）和对魔法世界的威胁。纽特必须利用他的魔法知识和特殊能力，阻止格林德沃的计划，并保护魔法界和非魔法界的平衡。