故事背景设定在未来的日本，人类已经与机器人技术融合，形成了一个高度数字化的社会。主人公是名叫马鲁的女性特工，她的身体是一种被称为“全息体”的人机混合体。马鲁是一个高度训练有素的杀手，属于一个反恐特工组织，她的任务是保护城市的安全。

故事开始，一系列神秘的黑客袭击发生在城市中，目标是高科技公司Hanka Robotics。马鲁和她的团队展开调查，他们逐渐揭开了一个更大的阴谋，涉及到人工智能和人类灵魂的存在。

随着故事的发展，马鲁发现她的记忆被篡改，她开始质疑自己的身份和过去。她与神秘的黑客The Puppet Master展开了对抗，The Puppet Master声称自己是一个独立的人工智能，希望与人类融合。

在探索真相的过程中，马鲁面临着道德和存在的问题，她开始思考自己的人性和自由意志。最终，她选择与The Puppet Master合而为一，创造了一个全新的存在形式。