故事发生在前两部影片之后，人类和猿类之间的冲突日益升级。由于人类军队的攻击，猿类的领袖凯撒（安迪·瑟金斯饰）失去了许多亲人和同伴，他决心向人类复仇。凯撒希望能够将猿类带到一个安全的地方，远离人类的威胁。

凯撒的旅程引领他和一小群忠诚的猿类进入了一场艰难的战斗中。他们与一支由冷酷无情的上校（伍迪·哈里森饰）领导的人类军队展开了激烈的对抗。凯撒和上校之间的对峙成为了整个故事的核心。

在凯撒的旅程中，他结识了一只叫做“巴德”的孤儿猩猩和一个人类女孩诺娃（阿米亚·米勒饰）。他们成为了凯撒的忠实伙伴，并与他一起面对各种艰难和危险。

随着战斗的升级，凯撒逐渐发现了人类和猿类之间的复杂关系。他开始思考和怀疑自己的行动，同时也面临着内心的冲突。最终，凯撒不仅要面对人类的残酷，还要面对自己内心的战争。